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- Pistes cyclables urbaines : depuis 2002, la ville d’Auxerre poursuit l’aménagement d’un réseau urbain cyclable, un parcours que les deux-roues peuvent emprunter en toute sécurité. Une piste relie le lycée Fourier, le quartier Sainte-Geneviève au Centre-ville. Une autre relie la gare aux promenades en passant par le boulevard de la Chaînette et une troisième passe par la piscine et les bords de l’Yonne. Les avenues Yver et Pierre-de-Courtenay sont également équipées.
- Coulée verte : ceinture périphérique de 15 km autour de la ville accessible aux piétons et cyclistes.
Auxerre est desservie par l’autoroute A6 et bénéficie des deux échangeurs
D’autre part un réseau de routes nationales permettent la desserte routière d’Auxerre depuis Troyes, Nevers, Dijon, Orléans ou encore Chalon-sur-Saône (RN151, RN77) ainsi que la rocade ouest de la ville. Plusieurs importants projets routiers doivent être mis en place sur Auxerre. La rocade sud doit prochainement voir le jour pour dévier le flux routier sur le sud de l’agglomération et ainsi éviter la traversée de la ville.
Enfin le dossier sur l’autoroute A26 entre Troyes-Auxerre-Bourges devrait à terme voir le jour dans le cadre du grand contournement de Paris.
Articles détaillés : Auxerre-Saint-Gervais et Laroche-Migennes.
Le trafic ferroviaire s’effectue principalement depuis la gare SNCF d’Auxerre-Saint-Gervais : des trains quotidiens et réguliers relient Auxerre à Paris (gare de Lyon, gare de Bercy).
Nombreux sont cependant les Auxerrois qui préfèrent aller à la gare de Laroche-Migennes, située à 20 km d’Auxerre sur la ligne Paris - Dijon, et mieux desservie. La mise en place du « TGV Yonne » met désormais Lyon à 1h30 de Laroche-Migennes et Montpellier et Marseille à 3H30.
La gare d’Auxerre-Saint-Amatre, au sud-ouest de la ville est désaffectée.
11 lignes de bus urbain[5] desservent Auxerre et certaines villes de son agglomération (Monéteau, Perrigny, Saint-Georges-sur-Baulche, Villefargeau, Chevannes, Augy, Vallan) :
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- : C.C Les Clairions - Les Plattes
- : Bréandes - Les Piédalloues
- : Perrigny Monument - Les Mignottes
- : Les Boussicats - Luxembourg
- : C.C Les Clairions - L’ADAPT
- : Porte de Paris - I.U.T
- : Les Chesnez Place - Arquebuse
- : Pien Place - Arquebuse 1
- : Villefargeau Lotissement - Arquebuse 2
- : Augy - Arquebuse 1-2
- : Orgy Abribus - SNCF
Le point de concordance des lignes est situé sur l’Arquebuse près de la Porte du Temple et sur la Porte de Paris.
La gare routière des Migraines est située à la Porte de Paris, divers lignes du réseau TransYonne[6] permettent la desserte dans tout le département de l’Yonne ainsi que ceux de la Nièvre, de l’Aube et de Seine-et-Marne. De nombreuses lignes de transport scolaire pour les lycéens y convergent également.
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L’essentiel du trafic aérien s’effectue à partir de l’aéroport Auxerre-Branches même si l’activité de celui-ci est fortement limitée par la démographie d’une part, mais aussi par la proximité des aéroports de Paris. Les trajets effectués par l’équipe de football de l’AJ Auxerre s’effectue à partir d’Auxerre-Branches.
Longtemps plaque tournante du trafic de bois en provenance du Morvan et à destination de Paris donnant à un quartier d’Auxerre le nom de « La Marine », l’activité fluviale sur l’Yonne et le Canal du Nivernais demeure aujourd’hui exclusivement touristique (péniches, croisière, restaurant…) et fait désormais partie du patrimoine de la ville d’Auxerre. Le port de plaisance est géré par la Chambre de commerce et d'industrie de l'Yonne.
Au XVIIe siècle l’Yonne servait pour transporter du vins jusqu’à Paris, on disait : Le Roi boit l’Auxerrois[citation nécessaire]. La manifestation « Fleurs de vigne », organisée conjointement par le Bureau interprofessionnel des vins de Bourgogne et la Ville d’Auxerre, qui a lieu annuellement le troisième dimanche de mai depuis 2005, vise à commémorer cet usage de la rivière. Les quais et le port vont faire l’objet d’une rénovation importante.
La ville d’Auxerre est divisée en 11 quartiers[7] :
Sur la rive gauche :
- Centre-ville, (5 372 habitants)
- Saint-Julien/Saint-Amâtre (5 005 habitants)
- Les Piédalloues/La Noue (2 950 habitants)
- Les Conches/Les Clairions (1 860 habitants)
- Les Rosoirs (3 912 habitants)
- Saint-Siméon (3 459 habitants)
- Sainte-Geneviève (3 865 habitants)
- Les Boussicats (2 264 habitants)
- Les Brichères (1 889 habitants)
Sur la rive droite :
- Rive Droite :Les Plattes, Les Vauviers, Croix du Sud, Cité d’Egriselles, Hameau du Coteau, Mignottes (3656 habitants)
- Saint-Gervais/Brazza (2326 habitants)
Outre la réhabilitation des quartiers périphérique de la ville et des grands ensembles, la ville d’Auxerre a, dans sa prospective urbaine, divers projets. Le nouveau complexe sportif de la Rive Droite va dans le sens d’une redynamisation du quartier. De même que la construction d’une salle des musiques actuelles (SMAC) destinée à accueillir les jeunes Auxerrois et les jeunes artistes. La piétonisation hebdomadaire de l’artère principale d’Auxerre, la rue du Temple a lancé le débat sur la piétonisation du centre-ville. Enfin aux Clairions, la construction d’un nouveau centre de psychiatrie plus performant a remplacé l’ancien établissement qui est soumis à une réhabilitation urbaine. L’ouverture à l’urbanisation de la Porte de Paris va mettre en place un quartier où la mixité sociale et économique sera de mise, le projet urbain mettra en commun des zones d’activités et résidentielles aux portes du centre-ville.