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Trésorier du club depuis 1974, Claude Bez accède à la présidence du club au scapulaire en août 1978. S'appuyant sur sa fortune immobilière et résolu à remettre les Girondins aux premières loges sans tarder, Claude Bez injecte des millions de francs dans les caisses bordelaises. Il recrute une pléthore de joueurs internationaux dont Lacombe, Sahnoun ou encore Gemmrich et fait de Bordeaux, sur le papier, un rival crédible de grands clubs comme Nantes, Saint-Étienne, ou Strasbourg qui sont alors les ténors du football français.
Claude Bez prévient que trois ans seront nécessaires pour monter une formation susceptible de disputer une Coupe d’Europe et, surtout, de rester au sommet. La saison 1979-80 manque de peu de tourner au désastre : après un début de saison catastrophique, les Girondins sont relégables après treize journées sous la direction de l'entraîneur argentin Luis Carniglia. Claude Bez remplace alors celui-ci par Raymond Goethals, auréolé de ses succès européens avec Anderlecht, pour une « pige » de neuf mois. Pari gagné : les Girondins redressent la barre et terminent sixièmes, faisant jeu égal avec le champion Nantes malgré le tragique décès d'Omar Sahnoun d'une crise cardiaque à l'entraînement en avril 1980. (Sahnoun, alors âgé de 25 ans, décède quelques mois avant la naissance de son fils Nicolas qui jouera lui aussi aux Girondins2.) Au départ de Goethals, et sur la foi de l'expérience lyonnaise de Bernard Lacombe, Bez recrute en provenance de l'OL un jeune entraîneur encore peu connu : Aimé Jacquet. Arrivent également de nouveaux joueurs : René Girard, François Bracci, ainsi que Jean Fernandez et Marius Trésor, qui quittent l'OM relégué en D2. Tous les ingrédients sont réunis pour partir à la conquête de l'Europe.
Jacquet impose son 4-4-2, ce qui implique que Soler et Gemmrich, pourtant tous deux internationaux, alterneront sur le banc, puisque Bernard Lacombe est titulaire indiscutable. En défense, Trésor et Bracci retrouvent une seconde jeunesse et une envie de jouer extraordinaire. Bilan : les Girondins terminent troisièmes de la saison 1980-1981 et obtiennent leur billet pour la coupe de l'UEFA ! Lors de l’été 1981, c’est Jean Tigana qui pose ses valises en Gironde. L’Europe s’arrête à Hambourg pour Bordeaux. Le championnat se passe bien. Bordeaux est quatrième. C’est mieux mais c’est insuffisant pour Claude Bez. Un grand nombre d'internationaux français et étrangers sont recrutés et jouent à Bordeaux autour de l'emblématique Alain Giresse. On peut citer Dropsy, Bracci, Domenech, Thouvenel, Specht, Tusseau, Trésor, Battiston, Girard, Tigana, Touré, Dieter Müller, ou encore les jumeaux Zlatko et Zoran Vujovic10.
Durant les années 1980, les Girondins sont l'équipe-phare du football français. Les Girondins remportent trois titres, deux coupes de France et se qualifient chaque année pour les coupes d'Europe. En 1983 Girondins de Bordeaux a organisé un centenaire tournoi. Les Girondins remportent la demi-finale contre le FC Barcelone et sont battus en finale par le VfB Stuttgart.11
Les Girondins manquent de peu la consécration européenne par deux fois. En 1985, ils sont battus en demi-finale de la Coupe des Champions par la Juventus de Michel Platini, défaite 3-0 au match aller joué au Stadio Comunale et vainqueurs 2-0 au retour au terme d'un match joué devant 40 211 spectateurs, record d'affluence au stade Lescure qui n'a pas encore été battu à ce jour2. En 1987, les Girondins sont cette fois ci éliminés de nouveau en demi-finale de la Coupe des Coupes par le Lokomotive Leipzig. Battus 0-1 à l'aller à Lescure, les Girondins s'imposent à Leipzig sur le même score et sont finalement éliminés lors de la séance des tirs au but2.
Le 30 avril 1986, les Girondins remportent la Coupe de France de football après cinq finales perdues. Face à l'Olympique de Marseille, en pleine ascension au début des années Tapie, Bordeaux s'impose 2-1 après prolongation grâce à un but de Giresse sur Joseph-Antoine Bell3. Suite à cette victoire, Giresse et Lacombe vont parcourir le trajet Bordeaux-Lourdes à vélo pour tenir la promesse qu'ils avaient faite2. L'année suivante, Bordeaux remporte son premier et seul doublé en devançant Marseille de quatre points en Championnat et dominant les mêmes Marseillais (2-0) en finale de la Coupe.
Pendant ces années fastes, Bordeaux fournit aussi à l'équipe de France l'ossature de l'équipe vainqueur de l'Euro 1984 et demi-finaliste des Coupes du Monde 1982 et 1986.
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Au terme de la saison 1990-1991 où le club finit dixième (mais manquant d'un rien une qualification en Coupe d'Europe lors du dernier match perdu 1-0 à Lyon), la DNCG décide de reléguer administrativement les Girondins de Bordeaux en D2 en raison de leur déficit budgétaire (environ 45 millions d'euros)12.
La remontée est immédiate (Champion de D2) et les Girondins, appuyés par une série de partenaires solides (Alain Afflelou puis M6), se rétablissent rapidement à un bon niveau, retrouvant fréquemment l'Europe avec l'arrivée de Rolland Courbis, juste après la saison en D2, il finit 4e du championnat à trois reprises (1993, 1994 et 1997). Mais c'est sans Courbis que les Girondins réalisent leur belle perforance en Coupe UEFA .
La saison commence tôt pour les Girondins avec la coupe Intertoto débutant le 1er juillet. Autant cette saison, les Girondins vont franchir tous les paliers un par un de l'Intertoto puis de la coupe UEFA pour finalement arriver en finale, autant au point de vue national, le bilan est moyen pour l'équipe entraînée en début de saison par Slavo Muslin, l'équipe finit 16e à quelques petits points du premier relégable. Un des moment fort de la saison se déroule le 19 mars lors du match retour contre le Milan AC. Alors que les Milanais s'étaient imposés chez eux lors du match aller sur le score de 2 à 0, et étaient par conséquent largement favoris pour la qualification en demi-finale, les Bordelais dirigés par Gernot Rohr et menés par Christophe Dugarry, Bixente Lizarazu et Zinedine Zidane vont finalement renverser la vapeur pour gagner le match retour 3 à 0. Par la suite, ils battent également le Slavia Prague mais tombent lors de la finale contre le Bayern de Munich. Suite à cette défaite, les Girondins finiront doucement la saison et de nombreux départs seront à déplorer lors de l'intersaison. Ainsi, parmi les joueurs ayant joué la finale de la coupe de l'UEFA, Lizarazu, Zidane, Dugarry, Huard, Dogon, Friis Hansen, Witschge, Lucas, Dutuel et Bancarel vont tous quitter le club et il ne reste alors que Tholot, Grenet et Croci comme base pour reconstruire les Girondins.
1999 est également un moment fort des années 1990 pour les Girondins. L'équipe qui débute la saison 1998-99 est dirigée par Élie Baup et va lutter toute la saison pour la première place avec l'Olympique de Marseille... de Rolland Courbis. Pour la dernière journée du championnat, les deux équipes sont à 69 et 68 points avec l'avantage pour les Girondins. L'OM se déplace à Nantes tandis que les Bordelais doivent ramener la victoire du Parc des Princes de Paris. Alors que l'OM ouvre le score à la 38e minute par Robert Pires13, Bordelais et Parisiens sont à égalité 2 buts partout quand Baup fait rentrer Pascal Feindouno, qui va venir battre Bernard Lama à la 89e minute, offrant le premier titre en douze saisons aux Girondins14,15.
En 2002, les Girondins vont remporter la Coupe de la Ligue grâce à une victoire au Stade de France sur le FC Lorient sur le score de 3 buts à 016.
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Après une phase de deux années difficiles, les Girondins renouent avec les victoires durant la saison 2005-06 en terminant deuxième de la Ligue 1 derrière l'Olympique lyonnais. Les Bordelais retrouvent la Ligue des champions — leur deuxième participation à la compétition-phare européenne depuis la saison 1999-2000 — après deux ans d'absence en coupe d'Europe. Pour essayer de bien figurer dans cette compétition, les dirigeants girondins recrute l'international français et ancien Bordelais, Johan Micoud, en provenance du Werder Brême. Mais la faiblesse financière de Bordeaux dans le football moderne, avec un budget qui avoisine 65 millions d'euros, limite les ambitions.
Après une saison 2006-2007 mitigée en championnat et en Ligue des champions, où elle n'a pu passer le premier tour, l'équipe des Girondins renoue avec le succès en remportant, le 31 mars 2007, la Coupe de la Ligue pour la deuxième fois de son histoire contre l'Olympique lyonnais grâce à un but du défenseur Henrique sur un corner de Johan Micoud à la 89e minute de la rencontre. C'est le premier trophée de Bordeaux depuis 2002 et il leur permet d'assurer la qualification pour la Coupe UEFA pour la saison 2007-2008.
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En juin 2007, le Président Jean-Louis Triaud décide de confier les rênes de l'équipe professionnelle à un entraîneur inexpérimenté mais ayant un passé de joueur exceptionnel : Laurent Blanc. Véritable coup de poker en début de saison, Laurent Blanc emmène son groupe à la deuxième place au terme d'une saison aux talons de l'Olympique lyonnais. Les Girondins battent ainsi le nombre de record de points du club avec 75 points et sont qualifiés pour l'édition 2008-2009 de la Ligue des champions.
Lors de la saison 2008-2009, Bordeaux gagne le Trophée des champions en battant Lyon aux tirs au but. Grâce à ce succès, les Girondins deviennent le quatrième club français à avoir remporté au moins une fois tous les trophées nationaux — Championnat de France, Coupe de France, Coupe de la Ligue et Trophée des Champions —, après l’Olympique lyonnais, l’AS Monaco et le Paris Saint-Germain. La même saison, le club remporte sa troisième Coupe de la Ligue face à Vannes, devenant le club ayant le plus de victoires dans cette compétition, à égalité avec le Paris Saint-Germain. À la lutte avec Marseille, le club termine sa saison de Ligue 1 avec une série de onze victoires d'affilée, nouveau record national. Le précédent record de dix victoires consécutives était également codétenu par Bordeaux. Le club devient champion le 30 mai 2009 sur le terrain de Caen et remporte son 6e trophée de Champion de France de son histoire.
Lors de la saison 2009-2010, les Girondins remportent pour la seconde année consécutive le Trophée des champions en battant l'EA Guingamp 2-0 au stade olympique de Montréal devant 34 068 spectateurs. Le 30 août 2009, Marseille met fin à la série de victoires consécutives des Girondins de Bordeaux après un match nul 0-0 au Stade Vélodrome. Ce record s'établit donc à quatorze succès d'affilée soit le quatrième européen derrière l'Inter Milan (17), le FC Barcelone (16) et le Bayern Munich (15). Le samedi 3 octobre 2009, les Girondins s'inclinent (3-1) face à Saint-Étienne, stoppant ainsi leur série à 18 matchs sans défaite. Ils étaient invaincus en championnat depuis le 7 mars 2009. Mais au soir de la douzième journée de championnat, Bordeaux poursuit néanmoins sa série de victoires consécutives au stade Chaban-Delmas qui compte désormais 13 unités. C'est Valenciennes qui mettra fin à l'invincibilité à domicile des Girondins (39 matchs sans défaite) en les battant 1-0 le 21 novembre.
La saison 2009-2010 est la meilleure des Girondins en Ligue des champions. L'équipe de Laurent Blanc réussit notamment à battre la Juventus de Turin, le Bayern Munich (à l'aller comme au retour) et termine première de sa poule, et invaincue. Après avoir battu l'Olympiakos le Pirée en huitièmes de finale (1-0 à l'aller et 2-1 au retour), les Bordelais totalisent sept victoires consécutives, record pour une équipe française en Ligue des Champions. Privés de leur capitaine Alou Diarra pour le match aller suite à son exclusion en huitième de finale, les Bordelais se font éliminer en quarts par l'Olympique lyonnais de Hugo Lloris sur le score cumulé de trois buts à deux (3-1 / 0-1). La fin de saison se passe mal. Les Girondins perdent en finale de la Coupe de Ligue contre l'OM et terminent la saison 2009/2010 à la sixième place du Championnat les privant de compétition européenne pour la saison suivante.
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La saison 2010-2011 est marquée par plusieurs changements majeurs : Laurent Blanc quitte le club et rejoint la sélection nationale, Marouane Chamakh et Yoann Gourcuff rejoignent respectivement Arsenal et l'Olympique lyonnais. Jean Tigana est nommé entraineur des Girondins avec Michel Pavon en adjoint.
L'équipe s'impose en amical contre Osasuna 2-0 mais continue de perdre en championnat et se retrouve relégable avant de battre l'Olympique Lyonnais qui était lui aussi dans la zone rouge. Après cette victoire, Bordeaux prend 7 points en 3 matchs en battant Lorient et Auxerre ainsi qu'un match nul contre Caen. Après cette série de bons résultats, Bordeaux se fait battre par le leader Brest 2-0 à domicile. Les Girondins attendront trois journées pour s'imposer contre Nancy 2-1 sur un but accordé de manière litigieuse. Grâce à un triplé d'Anthony Modeste, les marines et blancs s'imposent 4-2 contre le dernier du championnat Arles-Avignon.
Les mauvaises prestations de l'équipe girondine s'enchaînent et la trêve hivernale arrive. Les Girondins font miraculeusement match nul à domicile (2-2) face au RC Lens. La crise couve. Le niveau de jeu de l'équipe est en chute libre et les bordelais se retrouvent au fond du gouffre à la mi-saison. Jean Tigana perd peu à peu le contrôle du vestiaire et des rumeurs persistantes le disent partant. On évoque notamment le nom de Rolland Courbis pour le remplacer. Il choisit finalement de rester malgré la pression des supporters qui souhaitaient voir un "grand entraineur" sur le banc et du "beau jeu". Le recrutement inopportun de joueurs méconnus comme André illustre bien le désarroi dans lequel se trouve le club.
Nicolas de Tavernost, président d'M6, propriétaire des Girondins de Bordeaux évoque ses craintes dans la presse locale et déclare que le club ne pourra pas conserver un effectif de ligue des champions si le FCGB ne se qualifie pas pour la prestigieuse Coupe d'Europe. On annonce des cadres partant comme Alou Diarra ou Cédric Carrasso.
La fin de saison s'annonce pour le moins difficile. Les Girondins de Bordeaux sont éliminés par Angers en 1/16èmes de finale de la Coupe de France. Les Girondins subissent une lourde défaite (5-1) à Lorient. Les tensions entre Jean Tigana et son adjoint Michel Pavon éclatent au grand jour au terme de la rencontre. Michel Pavon sera écarté par le Président Triaud le 24 février 2011 en raison des tensions entre Pavon et Tigana.
Après une défaite 4 à 0 à domicile contre Sochaux, Jean Tigana présente sa démission, démission acceptée par le Président Jean-Louis Triaud. Eric Bedouet, préparateur physique mais détenteur des diplômes d'entraineur, prend la relève pour la fin de la saison en compagnie de Franck Mantaux (l'entraineur des gardiens qui assure l'intérim de Dominique Dropsy atteint d'une leucémie depuis avril 2010), de Philippe Lucas (entraineur des moins de 19 ans des Girondins de Bordeaux et ancien joueur du Club) et de Lilian Laslandes qui s'occupera spécifiquement des attaquants.
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Après une défaite contre le Racing Club de Lens (1-0), Eric Bedouet et les Girondins s'imposent face au Paris Saint Germain (1-0) avec notamment une grosse prestation de Cédric Carrasso. Après une nouvelle défaite sur le terrain de Toulouse (2-0), les Girondins l'emportent (2-0) lors de leur dernier match à domicile face à Montpellier. Le Président Jean-Louis Triaud annonce le 29 mai 2011 avant le match, la prolongation de deux années supplémentaires du contrat de Cédric Carrasso sur la chaine officielle du club, Girondins TV.
Pour le dernier match de la saison, Ulrich Ramé est titulaire dans les buts bordelais et capitaine pour son dernier match sous les couleurs girondines. Il sort à la 55e minute sous les ovations de Chaban Delmas. Il a porté les couleurs des Girondins pendant quatorze ans et disputé 525 matchs officiels17 (compétitions nationales et internationales confondues). Les Girondins de Bordeaux terminent septième du championnat et enchainent donc une deuxième saison consécutive sans Coupe d'Europe. C'est la seconde saison consécutive que les Girondins terminent à une place de la Coupe d'Europe.
Le 6 juin 2011, lors d'une conférence de presse au Haillan, le président Jean-Louis Triaud annonce officiellement l'arrivée de Francis Gillot pour un contrat de 2 saisons en tant qu'entraineur des Girondins de Bordeaux. Après la prolongation de contrat de Cédric Carrasso, c'est au tour de Jaroslav Plasil, Cheick Diabaté et Florian Marange de prolonger. Alou Diarra quitte le club et rejoint l'OM tandis que Fernando Menegazzo et Wendel décident de partir respectivement pour le Qatar et l'Arabie Saoudite. Côté arrivées, Landry Nguemo et Nicolas Maurice Belay rejoignent la Gironde lors du mercato estival marqué par les faiblesses financières des Girondins.
La première partie de championnat n'est guère réjouissante. Les Girondins connaissent un début de saison poussif (marqué notamment par une élimination précoce en 1/16ème de finale de la Coupe de Ligue) malgré une amélioration des résultats à l'approche de la trêve hivernale. Avant la reprise des compétition, Mariano, brésilien évoluant à Fluminense (Brésil) rejoint les Girondins de Bordeaux pour 3 ans et demi pour 3M d'euros. Le lillois, Ludovic Obraniak à qui il ne restait que 6 mois de contrat est recruté contre 1 millions d'euros par les Girondins afin de renforcer le secteur offensif.
Après une qualification face à l'AS Saint Etienne en Coupe de France au stade des 1/32ème de finale, les Girondins voient leur parcours se terminer en huitièmes de finale où ils sont éliminés par Lyon sur le score de 3-1 après prolongations. Le trophée échappe une fois encore aux Girondins qui n'ont plus remporté la compétition depuis 1987.
Après un beau mois de février durant lequel les Girondins battent successivement Toulouse, Lille et Lyon, les Girondins connaissent un parcours plus mitigé en mars qui les éloignent à nouveau des places européennes. Lors de la 33ème journée, les Girondins préservent tout de même leur série d'invincibilité à domicile face à Marseille en s'imposant sur le score de 2-1. Cela fait maintenant 35 ans que Marseille n'a pas gagné à Chaban Delmas.
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